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los inicios

La historia del club comienza el año 1916, cuando un grupo de estudiantes, encabezados por el profesor del Liceo de Hombres de Chillán, Manuel Lara Gutiérrez, decidieron formar un club deportivo. Así, el 20 de agosto del mismo año, fue fundado el Liceo Football Club, el cual, además del fútbol, contaba entre sus ramas el básquetbol y el boxeo. El equipo de fútbol se unió a la Liga de Chillán, y prontamente organizó encuentros entreciudades con otros clubes de la zona como el Liceo de Talca, y el Liceo de Concepción.

En el año 1917 y 1918 el club consiguió el título de la tercera serie​ y en 1919 el de la segunda serie.​ Al siguiente año, y debido a las diferencias de edades entre los cuadros de la Liga de Chillán, se decidió separar a los equipos en dos divisiones, inscribiéndose al Liceo en la serie liviana, en donde se proclamó campeón.2​ En 1921, ya en la serie principal de la liga, el Liceo F. C. se adjudicó el campeonato del Ñuble.

El equipo de fútbol, se mantuvo por largo tiempo participando en la liga deportiva amateur, donde destacó al lograr ser campeón local once años consecutivos entre 1938 y 1948. Entre sus filas, pasaron muchos jugadores, entre ellos estuvieron Eduardo Sanhueza Martín, Candelario Sepúlveda, Tomás Figueroa Bravo, Carlos González Utreras, Humberto Fagnilli fuentes, es este último, quien le cambia el nombre al club, tomando el gentilicio de la provincia, denominándolo “Liceo-Ñublense”.

El año 1942, con Lautaro Vásquez Landa como timonel del equipo, se vuelve a cambiar el nombre a la institución, llamándose “Club de Deportes Ñublense”, rótulo que sería ratificado en los estatutos deportivos de dicho año. El club continuó en el fútbol amateur hasta el año 1957, cuando de la mano de quien fuera el jefe del registro civil de la ciudad y presidente del club, Moisés Noriega Alarcón, pasa del fútbol amateur a unirse al Campeonato Regional de Concepción. En esta condición estuvo un año, compitiendo con equipos como Lord Cochrane, Universitario, Gente de Mar, Galvarino o el Arturo Fernández Vial.

La entrada al profesionalismo

En 1959, gracias a una gestión del timonel de la época, Mario Avendaño, se acepta la postulación realizada a la Asociación de Fútbol Nacional, y se entra al profesionalismo.​ El primer año en el profesionalismo, el equipo se preparó futbolísticamente. Al club llegó el entrenador Argentino Martín García, junto a él llegaron jóvenes jugadores que poseían experiencia en el fútbol rentado, uno de ellos fue el arquero Luis Venzano Justiniano, proveniente de la Universidad de Chile, y quién fuese el primer futbolista profesional que firmara por la institución.

En 1961, con Renato Solar Sánchez al mando del club, se realiza una de las contrataciones más recordadas por el club, ya que llega al equipo, el jugador de Boca Juniors, y seleccionado argentino, José Borello y el también defensa argentino, proveniente de Magallanes, Claudio González Muñoz. En esa ocasión, el club se ubicó en cuarta posición. A lo largo de este periodo por el club pasaron dirigentes destacados como Carlos Abel Jarpa Vallejos, Vicente Cox Vial, Luis Fischer, los señores Cusacovich, Foster, entre muchos más, los cuales lograron la estabilidad del equipo. Los dos primeros años, Ñublense hizo de local en la única cancha empastada que existía en Chillán, el estadio del Colegio Seminario, mientras se sembraba el césped y construían las graderías y camarines del estadio municipal, que era un arenal.

Campeón de la Segunda División y el ascenso a Primera

El año 1976, ha sido uno de los mejores momentos del equipo, cuando con la presidencia de Pedro Guzmán Álvarez, y dirección técnica de Isaac Carrasco, el equipo es campeón de segunda división y asciende a primera. El segundo año en primera división, la institución roja vio pasar a uno de los mejores entrenadores que ha tenido el equipo, con un estilo renovado, Nelson Oyarzún Arenas, marcó el juego de los rojos. Apodado el “Consomé”, debido a que obligaba a sus dirigidos a saborear un plato de consomé, luego de los partidos, se ganó el respeto y cariño de la hinchada. En la mañana del 10 de septiembre de 1978, fallece, víctima de un cáncer a la edad de 35 años. Por la tarde del mismo día, el equipo enfrentó a Colo-Colo, derrotándolos por dos a uno.

Primera participación internacional

Durante el Apertura 2008 el club hizo de local en el Estadio Fiscal de Linares y en el Clausura 2008 en Estadio Monumental Arístides Bahamondes de Chillán Viejo, debido a que el Estadio Nelson Oyarzún estaba en remodelación para ser sede de la Copa Mundial Femenina de Fútbol Sub-20 de 2008. En el Apertura, de la mano del director técnico Fernando Díaz, Ñublense consiguió una inédita clasificación a la Copa Sudamericana, su primer torneo internacional, luego de un disputado partido en Linares que solo se definió por 3-2 a favor del cuadro rojo frente el equipo de Audax Italiano, con un gol de tiro libre en el minuto 87′ de Juan Francisco Viveros.

Cuatro días después de este histórico hecho, los «Diablos rojos» lograron adjudicarse el primer puesto de la fase regular del Apertura, tras vencer en calidad de visita por 2 a 1 a la Universidad Católica. En la etapa de los Play Off se enfrentó en Cuartos de Final al equipo de Cobreloa, a quien derrotó por 2-1 en el partido de vuelta, jugado en el Estadio Municipal de Concepción. ​En semifinales chocó contra Colo-Colo. En la ida Ñublense venció por 1 a 0, de visitante, con gol del paraguayo Ever Cantero. Pero en la vuelta jugada en Concepción, Colo-Colo dio vuelta el marcador, y derrotó a Ñublense por 2-1, con doblete de Lucas Barrios, eliminando así al elenco chillanejo de la competición.

En su debut en la Copa Sudamericana 2008, Ñublense hace de local nuevamente en el Estadio Municipal de Collao, venciendo al conjunto peruano de Sport Ancash por la cuenta mínima con gol de Alejandro Osorio en el minuto 90+4.10​Sin embargo, en el partido de vuelta, el equipo peruano ganó por 4-0 y eliminó al cuadro rojo del torneo.

Fernando Díaz anunció su partida del club el 11 de agosto de 2009, ante la disconformidad dirigencial por la campaña en el Campeonato Clausura, que le reportaba sólo un punto en las primeras cinco fechas. Asumió interinamente el encargado de las series menores chillanejas, Ricardo Toro, logrando mantener la categoría. Durante la temporada siguiente se contrató al técnico Óscar del Solar, proveniente del descendido Rangers de Talca. Luego de un prometedor inicio de campeonato, el equipo perdió la línea de juego y tras 10 fechas sin conocer de triunfos, Del Solar fue cesado de sus funciones, el 1 de agosto de 2010. En este difícil escenario, asume por el resto del campeonato el jefe técnico de las divisiones menores del club, Ricardo Toro. Finalmente el club terminó el año 2010 venciendo a Unión San Felipe por 2 a 0 en Nelson Oyarzún, salvándose del descenso.